Rozmerný neskorogotický drevený krídlový oltár sv. Juraja, siahajúci až ku klenbe presbytéria sa do súčasnosti zachoval kompletne.
Oltár je datovaný na boku predely na epištolovej strane rokom 1513 a signovaný monogramom CS.
Rezbárske a sochárske práce vykonala dielňa, ktorú viedol Majster Pavol z Levoče, oltárne skulptúry vytvoril pomocník Majstra Pavla, v literatúre nazvaný Majster reliéfu Sv. Juraja zo Spišskej Soboty.
Korigujúcu účasť na oltári mal nepochybne i samotný Majster Pavol. Skupina Poslednej večere v predele kompozične vychádza z rovnomennej skupiny na hlavnom oltári levočského kostola sv. Jakuba z roku 1508, ale súčasne sa od nej odlišuje.
Skulptúru sv. Juraja do roku 1968 zdobila originálna neskorogotická liata olovená a zlátená plastická aplikácia, imitujúca ozdoby a drahé kamene, zvýrazňujúca najmä brnenie a postroj koňa.
Z nepochopenia neskorogotických špecifík a z neznalosti spišskej tradície pri poslednej oprave všetky tieto kovové a čiastočne drevené ozdoby odstránili, pretože ich považovali za „pseudogotické z 19. storočia“.
Tabuľkové maľby vytvoril samotný maliar pracujúci v levočskej dielni Majstra svätoantonskej legendy, monogramista CS. Jeho postavy sa vyznačujú zavalitosťou. Do pozadia obrazov maľuje krajinu so stromami, kríkmi, vodnými hladinami a fantastické hrady či mestá podľa vzoru svojho učiteľa, Majstra svätoantonskej legendy.
Oltárna kamenná menza má zachované pozoruhodné rokokové drevené zlátené tumbovité obloženie – antipendium (výška 97 cm, šírka 312 cm, hĺbka 111,5 cm). Strednú kartušu s reliéfom sv. Juraja obklopuje rokajová ornamentika. Antipendium pochádza z roku 1758 a jeho rezbára vyplatili 19,20 florénmi. Maliar, ktorý dielo polychrómoval, dostal dokonca 32,40 florénov.
V symbióze s neskorogotickými prvkami sa na oltári uplatňuje renesančná ornamentika : v predele a na spodnej strane skrine sa rozvíja motív delfínov, oblúkový záklenok skrine má vetvovú girlandu s listami a plodmi. Nad ňou sú snopy spojené do reťazca, ktorý v oboch rohoch osedlávajú anjelici.

Oltárna skriňa hlavného oltára
V skrini (260 x 190 cm) je vysoký reliéf patróna mesta a kostola – sv. Juraja. Sv. Juraj vystupuje v oltárnej skrini ako mladý rytier víťaziaci nad drakom, symbolom zla. Predovšetkým má však postavenie ochrancu a symbolu mestských práv a slobôd. Drží meč ako symbol mestského hrdelného práva. Pozadie ústredného reliéfu vytvára opevnené mesto, z ktorého vychádza zástup ľudí, aby videl boj dobra so zlom. V scénach martýria sv. Juraja sa takisto objavuje mesto, mestská ulica alebo jeho panoráma v pozadí. V kontexte doby začiatku 16. storočia, kedy turecké nebezpečenstvo bolo pre Európu čoraz reálnejšou hrozbou, vystupuje sv. Juraj ako ochranca kresťanstva.
Oltár má dva páry pevných a dva páry pohyblivých krídel. Prednú stranu krídiel tvoria dve a dve tabule nad sebou so zláteným brokátovaným vzorom viniča a granátového jablka s maľovanými postavami svätcov – mučeníkov. Na ľavom krídle je Sv. Ján Krstiteľ a Sv. Florián – vojak, na pravom krídle Sv. Krištof a Sv. Stanislav – biskup. Postavy svätcov – mučeníkov na prednej strane krídel korešpondujú s ústrednou postavou patróna oltára.

Predná strana pravého pohyblivého krídla hlavného oltára s tabuľovými maľbami: Sv. Krištof s Ježiškom a Sv. Stanislav - biskup

Predná strana ľavého pohyblivého krídla hlavného oltára s tabuľovými maľbami: Sv. Ján Krstiteľ a Sv. Florián
Sv. Ján Krstiteľ, odetý do ťavej kože, drží v ruke Kristov znak – baránka. Vystupuje ako symbol pravdy a spravodlivosti, ale aj ako ochranca remeselníkov, najmä kožušníkov a krajčírov.
Sv. Florián je všeobecne známy ako ochranca ľudských obydlí pred ohňom, je však aj patrónom murárov a staviteľov mostov.
Sv. Krištofa, ktorý nesie na pleciach malého Ježiška, vzývajú ako patróna proti nepredvídateľnej smrti, ochrancu v každom čase, napríklad proti bleskom, pred zlodejmi, ale aj ako patróna cestovateľov, obchodníkov, povozníkov a malých detí. Ochraňuje proti slepote a moru. Verilo sa, že pohľad na jeho obraz uchráni po celý deň človeka pred nepredvídateľnými pohromami, hlavne tragickou smrťou.
Sv. Stanislav je ochrancom pravdy, spravodlivosti a chudobných.
Zadné strany pohyblivých krídel a pevné krídla obsahujú spolu osem tabúľ s maľbou legendy o vojakovi a mučeníkovi sv. Jurajovi z Kappadocie. Tieto tabule už nemajú abstraktné zlátené pozadie, ale modrú oblohu prevažne s výhľadom do krajiny s výjavmi:

Mučenie sv. Juraja železnými hákmi a pochodňami.
Kristus sa zjavuje vo väzení sv. Jurajovi a utešuje ho.
Sv. Juraj vypije otrávený nápoj a jed mu neuškodí. Kúzelník Athanásius prijíma kresťanstvo.
Pokus popraviť sv. Juraja lámaním v kolese, ktoré sa zrúti.
Mučenie sv. Juraja v kotli s vriacim olovom.
Sv. Juraja, priviazaného za koňom, vláčia mestom.
Stínanie sv. Juraja.
Nebeské plamene trescú Daciána a jeho družinu.

Detail apoštolov z Poslednej večere z predely hlavného oltára.
Predelu vypĺňa plastická skupina Poslednej večere. Vo fiálovom štíte pod baldachýnom, zloženým z pretínajúcich sa oblúkov v tvaroch oslích chrbtov, stojí na rozvilinovom podstavci skupina skulptúr vytvárajúcich Intercessio (Príhovor – orodovníctvo): kľačiaca Panna Mária, Bolestný Kristus a Tróniaci Boh Otec.
Intercessio v oltárnom štíte zobrazuje dvoje orodovníctiev

Detail mladého apoštola s kanvicou z Poslednej večere z predely hlavného oltára.
– príhovor Krista a Panny Márie za hriešne ľudstvo. Kľačiaca Panna Mária ukazuje Kristovi na svoje prsia, ktorými ho dojčila a Bolestný Kristus ukazuje Bohu Otcu svoje rany, ktoré vytrpel pre spásu ľudstva. Celok sa spomína ako tzv. Morový obraz, ktorý v nadstavci hlavného oltára mohol pripomínať morovú epidémiu v meste v rokoch 1508-1509 a prosbu za jej odvrátenie.
Oltár objednalo mesto Spišská Sobota v chýrnych dielňach vtedy najbohatšieho a najvýznamnejšieho spišského mesta, v Levoči. Jeho výtvarná úroveň je dôstojná a reprezentatívna. Podľa spišskosobotského Marckbuchu zo 16. storočia stál oltár 160 florénov.
Sv. Juraj, patrón kostola a mesta patrí medzi najznámejších svätcov. Máme však o ňom viac legendárnych informácií ako kriticky overených správ.

Detail na hlavu sv. Juraja
Najznámejšiu legendu o sv. Jurajovi zachytáva „Legenda aurea“ od Jakuba de Voragine. Podľa nej Juraj pochádzal zo vznešenej rodiny a stal sa rímskym vojakom. Vtedy jeho krajinu trápil drak, ktorý žiadal najprv obety z oviec, neskôr aj spomedzi ľudí. Žreb určil, že ako prvá bude obetovaná kráľova dcéra. Juraj hrdinsky zaútočil na draka, zranil ho a predviedol pred ľudí. Sľúbil, že draka usmrtí, ak sa všetci nechajú pokrstiť. Kráľ a ľud súhlasili, Juraj draka zabil a ľudia sa stali kresťanmi.
Historicky isté je len toľko, že Juraj sa narodil v Kappadocci (v Turecku) a zomrel okolo roku 305 v Palestíne. Odtiaľ v stredoveku rozšírili jeho kult križiaci po Európe, kde bol značne spopularizovaný a uctievaný ako jeden zo štrnástich Kristových pomocníkov v núdzi, najmä ako patrón rytierov, predovšetkým rytierov ducha, vojakov, remeselníkov vyrábajúcich zbroj, sedlárov, roľníkov i domácich zvierat, pocestných, skautov. Je ochrancom na cestách, je vzývaný v pokušeniach, za zlého počasia a je ochrancom proti moru. Je hlavným patrónom Anglicka. Liturgický sviatok má 24. apríla.